Chức năng nhiệm vụ chính của Công ty Hoa tiêu hàng hải khu vực V là cung cấp dịch vụ hoa tiêu hàng hải từ các vùng đón trả hoa tiêu vào cảng biển, bến cảng, cầu cảng, khu neo đậu, khu chuyển tải, khu tránh bão và nhà máy đóng, sửa chữa tàu biển trong vùng nước cảng biển thuộc địa phận các tỉnh, thành phố dọc theo sông Hậu và các tỉnh Đồng Tháp, Sóc Trăng, Bạc Liêu, Cà Mau và Kiên Giang gồm các tuyến:

- Tuyến dẫn tàu sông Hậu;

- Tuyến dẫn tàu Hòn Chông;

- Tuyến dẫn tàu Bình Trị;

- Tuyến dẫn tàu Dương Đông; 

- Tuyến dẫn tàu Bãi Vòng; 

- Tuyến dẫn tàu Hà Tiên; 

- Tuyến dẫn tàu An Thới; 

- Tuyến dẫn tàu Năm Căn; 

- Tuyến Sa Đéc – Châu Đốc – Vĩnh Xương;

           - Tuyến dẫn tàu có tải trọng lớn vào Sông Hậu - Nhà máy Nhiệt điện Duyên Hải.